chipとは

chip

クロマチン免疫沈降（-めんえきちんこう：Chromatin immunoprecipitation、略称 ChIP）は蛋白質に対する抗体を用いてDNAと蛋白質との相互作用（結合）を研究する方法の一つで、特定の蛋白質（転写因子など）が結合するDNA上の部位とその配列を明らかにする方法である。
現在では、さらにDNAチップによる標的DNA配列の同定を組み合わせた ChIP on chip がよく用いられる。
従来行われている似た方法にはゲルシフトアッセイがあるが、これは無細胞系（vitro：細胞をすりつぶした溶液）を用いて、特定のDNAに結合する蛋白質を探す方法であった。それに対し、ChIPは生きた細胞（vivo）を用いて、蛋白質の側からDNA配列を探すのが特徴である。
方法の概略を以下に示す。

• in vivoでの蛋白質のDNAへの固定化：一般にホルムアルデヒドを用いる。
• 細胞からのDNAの抽出。
• DNAの切断。
• 蛋白質に対応する抗体によるDNA断片（対象となる蛋白質に結合している）の選抜。
• 遠心分離によるDNA-蛋白質-抗体複合体の沈降。上清（結合していないDNA）を捨てる。
• DNA-蛋白質複合体に含まれるDNAの分離。プロテイナーゼKなどにより蛋白質を分解する。
これにより、目的の蛋白質と結合するDNAの短い配列だけを選択することができる。
次の段階はDNA断片の同定である。これにより対象となるDNAがゲノム上のどこにあるかを知り、あるいはその蛋白質が相互作用する新たな遺伝子を探し出すことができる。

出典: フリー百科事典『ウィキペディア（Wikipedia）』
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